1) Sous Linux
2) Sous Mac OS X
3) Sous Windows

1) Sous Linux, il y a plusieurs possibilités :

 Via Thunderbird : Au premier démarrage de Thunderbird, une fenêtre vous propose de le choisir comme logiciel de courrier par défaut, ou, ensuite, déroulez le menu Edition, sélectionnez Préférencess, cliquez sur le bouton Général. Dans la rubrique Paramètres système par défaut, cliquez Vérifier maintenant, en-dessous de la phrase Faire de Thunderbird l’application par défaut pour, cochez/décochez la case Courrier. Enfin cliquez sur le bouton OK.

 Via l’environnement graphique GNOME, déroulez le menu Système, sélectionnez Préférences et cliquez sur Applications préférées. Dans la fenêtre qui s’affiche, cliquez sur l’onglet Internet. Dans la rubrique Lecteur de courrier, cliquez sur le chevron : dans le menu déroulant, sélectionnez Personnaliser puis saisissez l’emplacement de Thunderbird[1] en ajoutant %s à la fin.

 Via l’environnement graphique KDE, allez dans le menu et sélectionnez Système puis Centre de configuration KDE. Dépliez ensuite Composants de KDE puis choisissez Sélectionneur de composants. Dans Client de courrier, cliquez sur Utilisez un autre client de messagerie puis saisissez l’emplacement de Thunderbird[2]. Vous pouvez aussi parcourir l’arborescence de votre système pour définir l’emplacement de Thunderbird, en appuyant sur le bouton contenant trois points situé à droite du champ à compléter.
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[1] Si l’installation de Thunderbird a été réalisée à partir de paquets deb ou rpm, sous Gnome, le nom du logiciel doit apparaître dans la liste des lecteurs de courrier dans la fenêtre des applications préférées. Dans ce cas, sélectionnez-le dans la liste. Sinon, c’est que vous l’avez installé vous même et vous savez où il est.
[2] Si l’installation de Thunderbird a été réalisée à partir de paquets deb ou rpm, entrez dans une console which thunderbird, sinon, c’est que vous l’avez faite vous même et vous savez où il est.

2) Sous Mac OS X
Démarrez le logiciel nommé Mail. Déroulez le menu Mail, cliquez sur Préférences puis sur le bouton Générales. A droite de Logiciel de courrier par défaut, déroulez le menu et choisissez Thunderbird. Si Thunderbird n’est pas présent dans la liste déroulante, cliquez sur Choisir puis recherchez et sélectionnez Thunderbird. Enfin, cliquez sur le bouton Choisir.

3) Sous Windows
Au premier démarrage de Thunderbird, une fenêtre vous propose de le choisir comme logiciel de courrier par défaut (ou pas).
Par ailleurs, à tout moment, vous pouvez définir Thunderbird par défaut : déroulez le menu Outils, sélectionnez Options, cliquez sur le bouton Général. Dans la rubrique Paramètres système par défaut, en-dessous de la phrase Faire de Thunderbird l’application par défaut pour, cochez la case Courrier, sinon, décochez. Enfin cliquez sur le bouton OK.

Sources : Réponse largement inspirée de Installer Thunderbird (Chapitre 2)